Antiguamente, este concepto estaba relacionado con el sentido negativo de la permisividad por parte de la autoridad ante actitudes sociales que se consideran impropias y equivocadas. Históricamente, fue la propia Iglesia la que otorgó la posibilidad de existencia a otras confesiones religiosas. Así, se instauró una forma de tolerancia religiosa y social, de coexistencia entre varias religiones que “estaban condenadas a entenderse”. Se dio, de ese modo, un reconocimiento tácito al libre ejercicio y manifestación de las creencias y de las actitudes acordes con ellas que supone este derecho ha de estar sancionado socialmente.
Por suerte para todos, la idea se amplió y comenzó a germinar en la sociedad de los siglos XVI-XVII, las reformas protestantes ya habían planteado el problema y mientras la autoridad política se enfrenta al hecho de que los ciudadanos no aceptaran la religión defendida por el Estado. Fue un momento importante para la apertura de las mentes religiosas o de políticos que abjuraban una única religión y condenaban las conductas de las otras.
El creciente influjo de ideas humanistas favoreció la autonomía de asuntos “humanos” y asuntos “religiosos” y tan pronto como esa idea fue calando en la sociedad se consiguió llegar, de facto a una separación práctica de Iglesia y Estado
Esta separación trajo consigo muchas argumentaciones favor de la libertad de conciencia y de la voluntad de practicar una fe. No debe haber imposición de dogmas ni de creencias en las sociedades.
A partir de s. XVII, toma los mandos una filosofía de la tolerancia, que da crédito a la libertad de conciencia, a la naturaleza racional del hombre y a la ley natural. Uno de los padres de este liberalismo fue John Locke. Además, fue uno de los primeros valedores de un poder civil del Estado que debía defender la vida, la libertad y la propiedad de los ciudadanos. Con esto, negará al Estado en competencias que no tengan que ver con estas ideas. Él mismo redacto la Carta sobre la tolerancia (1689) en la que no solo da una definición de tolerancia, sino que también, desarrolla una teoría lógica sobre las consecuencias de un Estado que defiende realmente asuntos que le son propios y da un espacio para que cada ciudadano pueda elegir su credo (salvo los no creyentes o ateos).
La Ilustración y los enciclopedistas revindicaron con mayor entusiasmo estos principios. De hecho, de aquí surgirán las ideas de la tolerancia política. Uno de los principios de John Stuart Mill en su texto Sobre la libertad, 1859.
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